La Sección Química de Productos Agroindustriales posee un complejo de 9 laboratorios que ofrecen servicios de análisis fisicoquímicos, microbiológicos y sensoriales tanto para clientes externos como para los programas de investigación internos de la Institución:

• Laboratorio de Microbiología
• Laboratorio de Residuos de Plaguicidas
• Laboratorio de Aguas y Efluentes
• Laboratorio de Análisis de Metales
• Laboratorio de Fisicoquímicas
• Laboratorio de Evaluaciones Sensoriales
• Laboratorio de Investigaciones Azucareras
• Laboratorio de Bromatología
• Laboratorio de Calidad de Biocombustibles