El Laboratorio de Microbiología (LM) analiza muestras de alimentos y aguas y además realiza monitoreos ambientales. Para las citrícolas y empaques de la región el laboratorio ofrece servicios de evaluación de eficacia de procesos de limpieza y desinfección de equipos utilizados durante el proceso industrial y calidad microbiológica ambiental de sectores de envasado. Además brinda asesoramiento y capacitación a personal de las empresas en Buenas Prácticas de Manufactura (BPM), en contaminación de líneas de producción y en metodologías de análisis.